Die Bedrohungen der Sakerfalkenpopulationen weltweit sind vielfältig. Die Reihenfolge der angeführten Gefährdungen entspricht keiner auf- oder absteigenden Gewichtung.
Lebensraumverlust und Nahrungsknappheit
Die Veränderung der Landnutzung durch den Menschen ist einer der Gründe warum den Sakerfalken Lebensraum und Beute abhandenkommen.
Die Umwandlung von Steppen in Ackerland und die Veränderung der Weideintensität veränderten die Lebensraumbedinungen für die Hauptbeute des Sakerfalken -
das Europäische Ziesel und den Feldhamster - stark. Hinzu kommt die zum Teil bewusste Verfolgung der Beutetiere des Sakers durch den Menschen, wie etwa des Ziesels, das als Schädling galt.
Damit ist der Saker gezwungen auf andere Beutetiere, wie zum Beispiel die Taube, umzusteigen.
Weiters stellen der Bau von Straßen, Bahnstrecken, Gebäuden sowie der Trend zur Verstädterung und Versiegelung von Flächen die Saker vor ganz neue Herausforderungen.
Illegale Entnahmen
Der Sakerfalke steht im gesamten EU-Raum und auch in den meisten anderen Ländern, in denen er vorkommt, unter Schutz. Illegale Abschüsse können dennoch nicht ganz ausgeschlossen werden. Vor allem in den asiatischen Ländern des Saker-Verbreitungsgebietes sind Wildfänge eine ernstzunehmende Thematik. Die Abnehmer für die Wildfänge sitzen in erster Linie in arabischstämmigen Ländern, in denen die Haltung von Sakerfalken für die Beizjagd Tradition hat. In Europa können illegale Wildfänge, vor allem in der Ukraine, Bulgarien, Georgien, Rumänien und der Türkei nicht ausgeschlossen werden.
Der illegale Raub von Eiern oder Küken aus dem Nest kann beträchtliche Auswirkungen auf lokale Populationen haben. Auch die Verwendung von Krähenfallen, in die neben Krähen auch Greifvögel und Eulen gelockt werden, kann zum Verlust einzelner Reviervögel und während der Aufzucht zum Ausfall von Bruten führen.
Stromschlag auf Mittelspannungsmasten
Für größere Vögel auf der ganzen Welt stellen bestimmte Typen von Freileitungsmasten ein Problem dar. Während von Hochspannungsmasten der Austrian Power Grid AG, die mit künstlichen Nisthilfen für Sakerfalken ausgestattet werden, kaum Gefahr ausgeht, können Mittelspannungsmasten aufgrund der deutlich geringeren Abstände zwischen den Leitungen - vor allem im Bereich von 10 bis 35 Kilovolt - zur Todesfalle werden.
Genetische Beeinflussung durch Hybridfalken
Viele Falkenhalter haben eine Vorliebe für Hybridfalken. Das Resultat dieser Mischungen sind aus Sicht der Falkner noch leistungsfähigere, kräftigere Vögel, die zudem gezielt auf Farbe, Verhalten oder Größe gezüchtet werden. Solange diese Hybriden nicht in die Freiheit gelangen besteht kein Problem. Jedoch kommen Hybridfalken immer wieder frei, sowohl versehentlich als auch beabsichtigt. Einmal in Freiheit können sich diese Hybride mit wildlebenden Sakern verpaaren und ihren Genpool durch artfremde Gene in nicht abschätzbarem Ausmaß negativ beeinflussen.
Windkraftanlagen
Hohe Strukturen, allen voran Windkraftanlagen, können für Sakerfalken im Flug ein Kollisionsrisiko darstellen, speziell dann, wenn sie auf der Jagd sind. Die Tiere rechnen nicht mit „herabfallenden Rotorblättern“, sprich sie sind evolutiv nicht an dieses moderne Hindernis angepasst.